1．运输合同主体资信不足，导致合同无效或无效履行。
2．因货物运输、保管不当造成货物损失的赔偿风险。
3．合同履行中未及时检验、移交、接收及接受货主特殊指示而产生的违约风险。
4．货物延迟交付的违约赔偿风险。越来越多的企业强调JIT式的管理，对于货物的延迟基本上处于难以忍受的境地，在运输合同中都写明对延迟交付的惩罚条件。
5．对环境污染的风险。运输过程中，不可避免产生对环境造成污染主要表现在交通拥堵、机动车排放尾气、噪音和超载对公共道路的毁坏等，根据环境保护法，污染者需要对特定社会公众承担相应的法律责任。再着，运输危险品泄露对环境的破坏。